La collection du musée des Augustins devient également, peu après sa création, une formidable anthologie de la peinture occidentale des XVII^e, XVIIII^e et XIX^e siècles. Le musée bénéficie en effet de nombreux envois consécutifs aux campagnes militaires napoléoniennes : Toulouse figure dans le décret Chaptal de 1801 – du nom du ministre de l’Intérieur de l’époque – qui propose la répartition entre 15 villes des œuvres remarquables rapportées à Paris au fur et à mesure des annexions territoriales.
Ouvert précocement en 1795, le Muséum provisoire du Midi de la République est particulièrement bien servi par cette politique décentralisée : entre 1803 et 1812, il reçoit 71 tableaux. La collection s’enrichit ainsi très tôt d’œuvres signées par des grands noms de la peinture européenne dont de grands tableaux d’autel qui prennent place dans le volume de l’église.
La tradition des dépôts de l’État se poursuit et enrichit considérablement le parcours du musée des Augustins tout au long du XIX^e et du XX^e siècle. Les modes d’acquisition se diversifient (dépôts, dons, achats, legs), de même que la nature des collections, extrêmement éclectiques dans ce qui est longtemps resté le seul musée de Toulouse.
Il a en effet abrité des collections aujourd’hui conservées au Museum d’Histoire Naturelle (créé en 1865), au Musée Saint-Raymond (1891 puis 1949), au Musée Georges-Labit (1893), au Musée Paul-Dupuy (1949) ou aux Abattoirs (1995). Trop à l’étroit dans l’ancien couvent des Augustins, ces collections font ainsi l’objet de projets spécifiques, tandis que le musée des Augustins s’est peu à peu recentré sur sa riche collection de peintures et de sculptures du XIIe au début du XXe siècle.

(selon informations du musée)